传统给食用菌浇水的方法是使用喷水桶，以喷淋的方式浇水，这样的方法有损伤菌丝体的缺点，现在的工厂化生产则有特定的雾化喷淋方式了，即通过超声波把水雾化后送入菇房，具有效率高，补水的效果好等优点，而且现在也有小型的超声波加湿器可供选择了。
浸泡法效率较差，把菌棒浸泡到水中，菌丝体会很多死亡，而且栽培袋的营养也会被水析出，所以这个不是好的办法。再则有专门的补水器，香菇等食用菌菌棒可以使用补水器进行补水。
灌溉方法：
对于食用菌灌溉，可以用微喷灌设备---吊悬式微喷头、全工程塑料制作，加工精度高。
1、喷灌强度低，射程远，实施喷洒灌溉。
2、流量小，灌溉均匀度高，为植物生长提供良好的生长湿度;
3、节水、增产效果明显，抗堵塞性能优于滴灌。
食用菌灌溉过程中经常出现的问题：
①菌株喷水贴生型菌株耐湿性强，出菇密，需水量大。同等条件下，喷水量比气生型菌株多。喷水时和喷水后，不可马上关闭菇房门窗，避免菌床菌丝缺氧窒息衰退，防止菇体表面游离水滞留过长产生斑点。
②气候喷水晴朗干燥天气，菇房喷水量要多;阴雨、潮湿天气，要停水或少喷水。
③温度喷水气温适宜时应当多喷水;气温偏高或偏低时，要少喷水、不喷水或择时喷水。避免菇房高温高湿，造成菌床菌丝萎缩，死菇增多和诱发 病害。但床面菇体长至1厘米以上时，不一概停水，若需喷水 也应选择早晚或夜间进行。
④喷水如菇棚漏气严重，保湿性能差，要多喷水，少通风;反之喷水量要适当减少，通风量增多。四忌采菇 前喷水，采菇的菌床至少提前2小时喷水通风后，方能进行采收。防止湿菇体采收时与手接触，变红或产生色斑。
