菌种生产流程，一般涵盖母种、原种和栽培种三个层次，这也就是我们常说的一级、二级、三级菌种。在这三个层次中，母种的分离与选育需要较高的技术性和精细化要求，而原种与栽培种的制作则相对简化。接下来，我们将逐一探讨各级菌种的制作技术。
一、母种的分离与选育
母种是菌种生产流程中的关键环节，其分离与选育主要依赖人工选择、诱变育种、杂交育种以及原生质融合等技术。对于大多数制种专业户来说，人工选择是一种简单而实用的方法。具体来说，就是通过观察菌落的形态、色泽等特征，挑选出符合要求的菌株进行分离与培育。接下来，我们将详细介绍人工选择的具体步骤与操作方法。
1、种源采集
从野生成或人工栽培的群体中，精心挑选出具有代表性的优良菇体，作为种源。挑选标准包括：菇体成熟度适中，朵形圆正，肉质肥厚，且无病虫害。采集1-2朵符合这些标准的种菇，并编上号码，作为分离母种的材料。若从栽培室采集，则应标明原菌株的代号。
2、培养基配制
采用琼脂培养基，又称PDA培养基。其常用配方为：马铃薯200-250克，琼脂15-20克，葡萄糖20-25克，清水1000毫升。此外，还可以加入硫酸镁1-1.5克，维生素B1微量，以及磷酸二氢钾2-3克以增强培养基的营养。制作过程中，需先将马铃薯洗净去皮后切成薄片，煮沸30分钟并过滤取汁。接着加入琼脂并搅拌至充分溶化，再加入葡萄糖等其他成分，过滤后装入玻璃试管或三角瓶内，进行高压灭菌。灭菌完成后，趁热将试管斜排或三角瓶内的培养基冷却，即成为固体斜面培养基。
3、母种分离方法
有孢子弹射、组织分离和基内分离三种方法可供选择。(1)孢子弹射法。种菇经表面消毒并吸干水分后，可将其悬挂于装有琼脂培养基的三角瓶内，让孢子自然散落在培养基上萌发菌丝。或者剪取一小块菇体贴附在试管斜面培养基上，让孢子散落并萌发菌丝，从而获得母种。(2)组织分离法。种菇经消毒后，在接种箱内用手或刀片从菇柄处对半解开，取一小块菇体纵切成5毫米x10毫米的小薄片，用接种针挑取一块接入斜面培养基中央，待其萌发菌丝后即可得到母种。(3)基内分离法。选择已长菇的木段，经酒精和升汞水消毒后，将小薄片劈成0.5-1厘米宽的小条接入斜面培养基中央。或者从已长菇的菌袋中钩取色泽纯、长势旺的菌丝体接入试管斜面培养基中央，待其萌发菌丝后同样可获得母种。
4、适温培养
将通过不同方式分离得到的菌种接种于试管后，需及时移入已消毒的培养箱或培养室，并将温度控制在约25℃，以利于孢子或菌丝的发育。一般情况下，孢子弹射后约3至4天，孢子会开始萌发成菌落，而10天后菌丝即可长满试管。对于组织分离，接种后2至3天菌丝便会开始萌发，并在培养基上逐渐蔓延。菇木分离接种后，菌丝的恢复生长则需要大约7天的时间。
5、选育提纯
经过上述培养得到的菌丝，并非全部都是优质菌丝。因此，在菌丝萌发并开始生长后，需要仔细观察，挑选出色泽纯正、健壮且长势良好的菌丝。在接种箱内，将这些优选的菌丝连同培养基一同钩取，并接入到另外准备好的试管培养基中。在恒温23至25℃的条件下继续培养7至10天，待菌丝再次长满试管后，进行再次观察和择优选取，即可得到“母代”母种。
6、转管扩接
“母代”母种可以进一步转管扩接成“子代”母种。这个过程需要使用相同的斜面培养基，并且每支母代母种可以扩接出30至50支子代母种。在生产过程中，通常供应的是子代母种，它还可以进行再次转管扩接。但需要注意的是，每次转管扩接的数量应控制在20至25支，并且整个转管过程不得超过5次。
7、出菇试验
经过分离选育得到的母种，还需要进行出菇试验来验证其是否可用于实际生产。试验方法是将母种接种到瓶装或袋装的木屑培养基上，并根据不同菇耳种性的温度要求进行适温培养。只有当菇耳成功出菇时，才能证明该母种真正适合用于生产。
接下来，我们进入原种繁殖培养的部分。将经过选育的母种接种到瓶装或袋装的木屑培养基上，并通过适当的培养条件，即可成功繁殖出原种。在繁殖过程中，需要严格控制技术要求，以确保繁殖出的原种具有优良的品质和适应性。
1、原种木屑培养基的制备
选用杂木屑作为主要成分，占比77.5%，再加入麦麸20%，蔗糖1%，石膏粉1.2%以及硫酸镁0.3%。在灭菌前的pH值应控制在6.5至7的范围内，同时调整含水量至60%。将上述原料充分混合后，装入750毫升的玻璃菌种瓶中，注意装料时下松上紧的原则。瓶口用棉花塞紧，并用牛皮纸包裹住瓶颈与棉塞，以防止污染。随后，将培养基放入高压灭菌锅中，在147千帕/平方厘米的压力下灭菌2至2.5小时。或者，也可以选择常压灭菌方式，在100℃下保持10至11小时，灭菌完成后趁热取出，让其自然冷却。
2、菌种接入
当料温降至25℃以下时，在无菌条件下，将试管种分割成若干份，通过酒精灯火焰的短暂灼烧后，迅速接入原种培养基上。每支母种可接入4至6瓶原种。
3、发菌培养
接种后的玻璃菌种瓶需立即移入25℃的菌种培养室中，并保持空间相对湿度在70%以上，同时避免强光直射。不同菇类所需的培养时间有所不同，一般菇类需要40至50天的培养周期，而草菇和银耳则只需15至20天。
4、去杂选优
在原种培育过程中，需每天进行细致观察。一旦发现杂菌污染的迹象，应立即将受污染的原种淘汰，以确保培养的质量。
二、栽培种扩大培育
将原种进一步扩接至相同的木屑培养基上，经过适温条件下的30至35天培养，即可获得栽培种，这种栽培种可直接用于生产栽培。在栽培种的生产过程中，我们通常选用750毫升的菌种专用瓶，但考虑到使用量较大，聚丙烯菌种袋（规格有12厘米x24厘米、15厘米x28厘米、17厘米x33厘米等）则更为常用，选择时需依据各种菇耳的特性和当地的习惯。
培养基的灭菌工作至关重要，我们采用常压灭菌灶，确保灭菌温度达到100℃，并持续8至10小时。灭菌完成后，应趁热卸袋并让其自然冷却。当料温降至25℃以下后，便可在无菌环境下接入选定品种的原种。每瓶原种能够扩接成50至60瓶栽培种。
在菌种培育室中，我们需要保持环境干净、避免强光直射，并将室温控制在23至25℃的范围内。培育过程中应定期检查，一旦发现杂菌污染，需立即淘汰，以确保菌种的优质。当菌丝充满菌种袋，且尖端菌丝出现上爬现象时，便意味着栽培种已达到适龄状态。
