金针菇栽培管理中，因出菇期不宜直接向子实体和料内喷水，所以采收二潮菇后培养料内严重缺水，很难再出菇，菇农因此放弃管理，导致产量偏低，生物转化率一般只达130%左右。
金针菇料内含水量的多少与产量、质量的高低均成正比。
因此，在出菇期改变常规的管理办法，适时加强水肥管理，可取得理想的效果。方法是：当菌丝体达到生理成熟后，将菌袋从发菌室迅速移到大棚内的栽培架上开袋催蕾出菇。进袋前先在菇床上垫上薄膜再摆袋，并将垫底膜四周抬高2cm，向膜内加入0．5cm深的水，袋口表面及四周用黑色薄膜覆盖避光，使光线较暗的膜内空间湿度能长期稳定在90%左右，有利于调节袋间温度、湿度，达到出菇整齐的目的。头潮菇采摘后，因料内水分已被大量消耗，必须及时向料内补充水分和追施营养液0．2kg，有利于二潮菇多出菇、出好菇。二潮菇采摘后，培养料已明显收缩，料与袋壁之间有了一定的空隙，后期易从袋底及四周出菇，影响菇的质量。为了防止这一现象发生，可再次向袋内补一次水，每袋补水0．3kg，促使培养料吸水膨胀，多余水分则淹住袋底及四周袋壁，使其缺氧而在料面出菇。如此处理后可再出三潮菇。
如果长期通风不良，棚内空间湿度过高，极易导致密菇、不菇、长柄菇的发生，而且菇呈水浸状，菌盖发黄，严重时甚至引起多种病虫害的发生。如果通风时间太长，空间湿度低，菇体鳞片会增多，影响商品外观。因此，出菇期既要保持棚内氧气充足、空气畅通，又不使湿度变化太大，是实现鸡腿菇优质高产的根本。
