对于杂菌孢子长出袋外的暴露型污染的菌袋,如链孢霉污染的,最好是在分生孢子团呈浅黄色时,进行处理,而当已产生分生孢子团并呈橘红色时,应用潮湿的布包裹好感病部位,集中进行处理,搬时要轻拿轻放,减少震动,尽量减少分生孢子的飘散危害,或者用少量的煤油、柴油蘸湿感病部分,杀死病原,控制蔓延。
对于病菌菌落较少、每袋仅1-2个菌落的感染较轻的菌袋,可用75%酒精或10%-15%福尔马林注射,控制病菌蔓延。
对于感染重的,可采用以下两种方法进行处理:一是在生产季节,将菌袋高压灭菌后,再掺入新料中,重新利用;二是将污染的菌袋深埋或烧毁;切忌将污染的菌袋到处乱扔或未经任何处理就脱袋到处摊晒,让病菌孢子到处飞扬,造成严重的重复污染。