猴头菇一般从原基形成到采收需要10―20天，适时采收产量最高、品质最好。猴头菇子实体成熟的标志是：菇体基本长足，坚实，色白，表面出现菌刺，菌刺长度在0.5―1厘米，未弹射孢子，此时适时采收。
采收的时机还应根据产品的去向或商家的要求，也可五六分熟时即采收幼菇，此时的子实体无论外观形态还是鲜嫩程度，无论蛋白质含量还是口感，均处最佳时机，最适于超市鲜销或外销，虽然对产量有一定影响，但其商品价值高，生产效益不但不会因产量降低而受影响，反而会有一定幅度的上升。
采收过迟，菌刺过长，孢子大量散发，子实体变得疏松，发黄，苦味浓，品质和使用价值下降，且因成熟的子实体从基料中吸取更多的营养及水分，导致转潮困难，也将影响总产量，并因商品价值低下而使效益不佳。
采收时轻轻旋转采下后，随即将基料表面进行清理，除去菌皮等杂物，尽量覆盖或将扎口处内缩，也可在架层上覆盖大幅塑膜，停止喷水，密闭光线，大通风2天，使棚湿降至70%左右时，关闭菇棚，使菌袋进入一个较合适的“养菌”阶段，约一周后，再度进行催蕾，即可进入下潮菇的管理。一般每批投料可采收3潮菇，生物学效率在80%～120%，商品率可达90%左右。
