子实体被浸染初期，菌盖表面出现小的黄色或苍褐色变色区，以后变成暗褐色的凹陷病斑，菌盖上的病斑呈圆形或椭圆形或不规则形，颜色加深并扩大连成不规则形的大型斑块，致使浅色菇变为黄色，深色菇转为酱色。在潮湿条件下，病斑表面有一薄层菌液，发出臭味，当病斑点干燥后，菌盖开裂，形成不对称的子实体。在发病严重的情况下，病斑连成一片，包括整个菌柄，全部变成褐色，不能直立，有黏，最后整朵菇变为黑褐色甚至腐烂。
一是保持菇场清洁卫生，及时清除病菇和废料；菇房、床架、用具等用前要用金星消毒液50倍液或2%的漂白粉溶液等彻底消毒。
二是拌料时用疣霉净1000倍液拌料，不可用高毒、高残留的防污剂之类。
三是栽培金针菇的培养料应彻底灭菌。
四是在出菇期将出菇室的温度控制在15℃以下，如果气温突然升高，要采取降温措施，如开窗、揭膜、遮阳等，但要注意温度波动不能过大，以防止水汽凝结，产生水膜。
五是发现病菇要及时摘除，并立即加大通风量，暂停或减少喷水，迅速降低温度，并用药控制病害发生程度。如可向料面喷洒5%的石灰水上清液，也可喷洒每毫升含100～200国际单位的农用链霉素溶液或300国际单位的土霉素溶液，每2天喷1次。施药前后菇床停水1天，间隔3～4天再次用药，连续用药3次以上，能有效控制病害蔓延。发病严重时，应先清除病菇，清理料面或覆土后再按上述方法喷药。
