害虫既是食用菌直接侵害者，又是病原菌在侵染的重要媒介，因此，防病与除虫要同步进行。在采取一切防患措施的基础上，适当选用一些高效、低毒、低残留的化学药剂防治，可以把病虫为害控制到最小的限度。常用的化学药剂如下：
1.石灰 栽培蘑菇、草菇、瓶菇所用的稻草可用1％～2％的石灰水调至呈微碱性反应，又利防病很促进菌丝体的生长；采菇后也可用石灰上清液喷洒，有利产量的提高和防病。菇床培养料发现局部受木霉为害时，可用纱布包石灰粉，直接在污染处撒一薄层，可控制病害的扩展蔓延。棉塞受脉胞霉为害时，可将棉塞经火焰灭菌后，再在棉塞上撒石灰粉。段木栽培受一些大型真菌如红栓菌等的为害时，在刮除子实体后，期刮伤面应及时用5％石灰水（或波尔水液）涂抹，防止再生。
2.硫磺 菇房进料前的消毒，可用硫磺多点烟熏，剂量微5克/立方米，点燃硫磺后密闭48小时，过1～2天后进料。
3.煤油或柴油 棉塞、胶布等处如发现有粉红色的脉孢霉霉层时，应及时滴上适量的煤油或柴油，然后用薄膜包扎，可使霉层糜烂。
4.甲醛 菌种袋或菌种块层局部受木霉等杂菌污染时，可用2％甲醛溶液注射或涂抹。蘑菇培养料受胡桃肉状菌感染时，应及时将受污染的培养料及覆土挖掉，，再用2％甲醛溶液喷洒感染的床面。
5.漂白粉 菌袋局部发生木霉时，可用10％的漂白粉溶液涂抹。菇房四壁、地面、床架等使用前可用漂白粉水消毒，一般用量为0.5公斤漂白粉溶于75公斤水中。
