4.发酵处理：
（1）预湿和建堆：将麦秸直接加水预湿，维持2天左右，使之充分泡透。稻草、玉米秸、玉米芯等亦如此处理；棉籽壳、菌糠废料，可在堆发酵前2～4小时加水拌匀即可。
除三维精素外，全部原辅材料进行建堆发酵。方式是一层草料、一层牛粪(鸡粪等)及辅料，层层堆叠。一般建堆时，牛粪应有剩余，不要全部铺于料中，应在料堆顶部用牛粪顺堆长堆起一尖顶，使之挡雨、挡料堆热量上升散发过多。温度计插入料堆1米高度处的料内40厘米左右，用以监测料温。
（2）一次性发酵：自建堆之日算起，每天翻堆1次，共翻5次，目的是改变料堆中各发酵区域的位置，尤其使边料、底料、顶料等上一次发酵过程中温度处于偏低水平的基料，经翻堆后进入高温发酵区域接受高温，得到充分地发酵，并由此改变其理化性状，使营养得以有效的分解和转化。翻堆的方法：提前数小时对料堆喷水，使边缘草料得以充分吸水。翻堆时先将堆顶牛粪扒下来；从料堆的一端开始，先将边料取下，将堆内高温区料做新料堆的底部和顶部，将边料、底料、顶料翻入新料堆的中部位置。建新堆的程序仍同第一次建堆，将牛粪按层铺上，值得注意的是，在翻堆过程中，原料堆中的牛粪等辅料已很难完全取出再重新铺层，因此，只有尽量均匀地使之分布在各料层中。翻堆时应从第二层时开始适当补水，每层补水量视原料的含水而定，以湿透而不渗流为宜，以免营养流失。第二次翻堆方法同上。第三次翻堆时，用800倍辛硫磷溶液，在每层料中均匀喷入，用量为每1000公斤干料50公斤左右，以驱杀侵入料堆中的害虫。最后一次翻堆时，调整基料含水率，并将三维精素均匀喷入，2天后摊开降温，并调配含水率至65%左右、pH值8左右，冷却至30℃以下或常温，即可进棚铺料播种。
