菌种的培养基在一定程度上决定着菌种的质量，决定着生产计划能否顺利实施。对于生产菌种培养基的选择，应因地因时制宜、就地取材，比如北方地区的棉籽壳、 玉米芯等，南方地区的稻壳糠、米糠以及莲子壳等均可应用。还有各地均有的小麦、木屑等资源。也是不错的基质材料。但在长期研发实践中发现，不少生产者或教条主义，或偏听偏信，盲目计划、采用本地没有的资源，导致生产成本增加。而实际效果却不尽人意。
一级种培养基配方：
一般使用PDA(马铃薯葡萄糖琼脂)改良培养基。基本配方：马铃薯200克，麦麸30千克，葡萄糖20克，磷酸二氢钾3克，硫酸镁2克。食母生4片。维生素B11片。该配方适应于大部分品种，一般发菌8天左右。
二级种基质及其配方：
②、谷粒培养基配方：小麦100千克，麦麸20千克，石灰粉1千克，石膏粉1.5千克。也可使用玉米、大豆等谷粒。该配方适应于平菇、秀珍菇、榆黄菇、鸡腿菇、金针菇、杏鲍菇、自灵菇等大部分品种。一般发菌10天左右。
③、木屑培养基配方：木屑80千克，麦麸15千克。豆饼粉5千克，石灰粉5千克，石膏粉2千克，过磷酸钙2千克，尿素0.6千克。该配方适应于平菇、秀珍菇——、榆黄菇、金针菇、杏鲍菇、白灵菇等大部分木腐菌品种。一般发菌40天左右。
