银耳袋栽因生长周期短，且属中温型恒温结实菌类，两种菌丝混合体的生物学特性与众不同，在管理上只要稍有疏忽，都会导致欠产或全部失收。综合各地技术性失败原因剖析如下：菌袋基质欠佳。表现在接种后杂菌污染严重，主要原因是料袋灭菌不彻底；料袋质次，多针孔，以致污染严重；也有因培养料配制时水分过高，发菌慢引起杂菌污染；拌料装袋时间延长，袋温高，微生物活跃，其料酸败，菌种无法吃料定植。
栽培季节不当。在自然气温条件下银耳室内栽培以春秋为宜，但有的栽培户盲目提前或延迟接种，结果春遇寒流，秋遭高温，菌丝处在逆境下生长纤弱。尤其秋栽气温不稳定，特别是遇高温菌丝受损，影响出耳和产量。
接种把关不严。接种室及工具消毒不彻底，接种室四周环境卫生差或靠近食品酿造厂房；操作人员衣物带杂入室；不按无菌操作要求接种，导致杂菌污染。
发菌控温不好。银耳接种后头3天为萌发期，4－12天为生长期，对温度的要求，萌发期不超过30℃，生长期不超过28℃。有的栽培者没有很好掌握这个极限温标，秋栽发菌时超温不采取疏袋散热等措施，致使菌丝受高温危害，穴口吐黑水，发生烂耳；春栽发菌时遇到春寒，没及时加温，使菌丝长时间处于低温，结果穴口吐白色粘液，都直接影响出耳和产量。
开口扩穴误期。菌袋开口增氧的适合菌龄，通常分：开小口的为10天左右，过2－3天撕掉胶布，再过2天割膜扩穴，三道工序15－16天，如采用一次性完成的，其菌龄14－15天。栽培户常因开口扩穴时间拖延，使袋内菌丝严重缺氧导致生长衰弱，出耳困难或不齐而欠产。
