蘑菇是由菌丝体和子实体两部分组成，菌丝体是营养器官，子实体是繁殖器官。蘑菇具有多达36000种性别，由成熟的孢子萌发成菌丝。菌丝为多细胞，有横隔，借顶端生长而伸长，白色、细长，绵毛状，逐渐成丝状。菌丝互相缀合形成密集的群体，称为菌丝体。
冬季有机蘑菇房通风较少，如果通气不好，易使菌丝萎缩。
喷水时，可以结合追肥，浓度20%左右。追有机肥需注意的是，追施的粪水最好浇沸，并用纱布过滤，浓度在20%左右。不能把未经过滤的粪渣施到床面上。
不过，无论是松动粗土，还是松动粗、细土，都不能将大量的白色菌丝剥离，特别是粗土周围包裹的菌丝更要注意。否则，有机蘑菇的菌丝剥落过多，会大大影响春有机蘑菇的产量。
在清除菇床老根和死菇时，要重新把粗、细土铺平、铺好。在最后一次松土后约一个多星期，当有机蘑菇的菌丝已经萌发时，要在菇床上覆盖一层新的细土，厚2-3厘米。覆土之前，需喷水结合追有机肥两三次，使粗土得到水分和养分，以促进菌丝的萌发和生长。
