场地的选择和控制。有机食用菌生产场址的选择必须远离普通作物大田、化工厂、医院、垃圾场、养殖场等污染地带，以及矿山、煤场、陶瓷等粉尘地带，并在近2年内没有使用过农药。确定有机蘑菇的栽培地块后，栽培品种、生产数量（产量）等均需严格控制，并在销售时按照实际产量使用有机食品标志。
原料的采购。首先是菌种，不得使用转基因菌种。其次，原材料要求，一是使用经过有机认证的原料，如经过有机认证后的小麦，其秸秆可用于有机蘑菇栽培，并需注明认证号；二是使用原生态原料，如原始森林中的树木枝干加工后的木屑等。再次，材料辅料类，如塑料菌袋等应使用符合有机食品要求的材料。
基料的配方和处理。一般可使用城镇符合饮用水标准的自来水，自备水井时应请相关部门进行检测，不得使用普通地下水、水库水等。配料应根据栽培品种科学设计配方，不得任意添加化学肥料、化学药物等。
发菌的管理与操作。发菌场所的处理，可采用漂白粉等进行喷洒消毒，菌袋离开地面，层架式培养。培养室应采取防虫网、黑光灯等防治害虫。其他操作可按常规进行。
出菇管理与整理。出菇棚的消毒可参考发菌室，并可在地面撒施石灰粉；菇棚内根据栽培品种及栽培模式等需要进行整理，彻底清理卫生并通风后，使用5-15%石灰上清液喷洒墙面、地面，适当通风；保湿用水应符合饮用水标准；不得使用任何违禁药物、激素等；采收时应戴乳胶手套，事先将工具、容器等用酒精或石灰溶液进行消毒处理，小批量采收时，应将手用肥皂洗净后方可进行操作；采收后，集中于加工车间进行整理，去掉菌柄基部携带的基料残渣，进行分级、装箱；低温库内彻底清理卫生并通风后，使用10%石灰水溶液喷洒墙面、地面，自然干燥后，可将产品进行临时储存。
运输的要求。一般鲜菇运输可采用保温车、周转箱方式，车厢内不得有油污、农药或其他化学品污染，不得与其他非有机食品共用一车。
