二次发酵分为前发酵即建堆发酵，和后发酵即加湿发酵这二次的发酵。
1、前发酵的技术和方法（时间在国庆前后为佳）。
前发酵在室外建堆发酵，先把牛粪、稻草用水预湿后即可建堆，一百平方米应建宽2.3－2.5米，高1.6米，长10米的堆。建堆时先铺一层宽为2.3－2.5米，高为15－20厘米左右的稻草（长度以要种植的平方数而定，即100平方米为10米长）然后铺一层3公分厚的牛粪，其上又铺一层稻草，草上又铺一层牛粪，这样循环堆叠上去至高为1.6米为宜，堆顶顶成弓形，堆第二层稻草时要开始喷灌水，喷灌水应做到越底层喷越少，越上层喷灌越多，至四周有水溢出为宜。堆料完第三、四天堆温会上升到70℃，第五天开始翻第一次堆，第11天翻第二次堆，第15天翻第三次堆。
翻堆：翻堆时堆宽比原堆宽缩小20公分，要求把料充分抖松，把上翻下，外翻内。翻第一次堆要灌足水分（底层四周有水溢出）并一层层撒上化肥（碳酸氢铵、过磷酸钙、花生饼粉）。第二次翻堆要一层层加上石膏粉。
2、后发酵。后发酵的有两种一是菇棚菇房中固定床架式的后发酵。二是露天式的后发酵。
固定式的后发酵的操作方法，把完成前发酵的培养料（第三次翻堆后第三天）迅速搬到固定的床架上抖松铺平，一般为20公分高。铺完把全部门窗密封。然后则可加温发酵，要放100℃温度计一支。
露天式的后发酵方法如下：用竹木砖石垫底制成2米－1.6米宽，床底高地面20公分高的透气床，要留二条20公分宽的进气小通道在床底和地面之间。然后把前发酵要翻第三次堆的培养料翻到透气床上，方法和翻第三次堆一样，在堆中央每距1.5米处立一根竹杆。翻完堆把竹杆拨掉作为排气孔。堆高为1.1米，长不限（一般和原堆长度相同），翻到最后一层使其成略弓形。第三天盖上一层稻草（盖在堆上层），并用竹片拱成弓形，横盖在堆上距0.7米。一弓上面和四周用塑料薄膜土壤密上边用绳子捆紧，不要让薄膜加蒸气后飞掉，地面用细沙或细土把塑料薄膜压紧。这样就可以开始放蒸气加温。（要放100℃温度计1支观温）。
加温：用焊有进水管和排气管的五十加大铁桶装水横放作锅。在桶底下烧火（烧煤或木柴）排气管上接上耐高温的塑料蒸气管，蒸气管的另一端伸进菇棚（房）的通道或露天式的透气床下的进气小通道。当铁桶内水沸滕时蒸气就大量地输入菇棚中，棚中的培养料的温度就逐渐升高。当温度达到60℃时，保持8小时，然后排气降温到50－52℃保持60小时。排气时要注意闻所排出的气体的味道，若有氨气或其它臭味，排气时间要拉长，直至排出气体无味为止。
后发酵的优点是把菇棚（房）、菇床架、培养料进行一次灭菌消毒和杀虫工作，培养更多对蘑菇生长有利的放线菌，腐殖霉菌和纤维分解菌。为蘑菇生产创造一个无杂菌无虫害的良好环境，为蘑菇生长发育创造条件，为蘑菇高产奠定良好的基础。
