双孢菇经过发菌期后要进行覆土。覆土能保持和调节培养料内的水分，改变培养料中的二氧化碳浓度，促进菌丝体生长发育成子实体，并对子实体起支撑作用。覆土的要求是不过沙，不过粘，PH值6.8-7，喷水后不板结，能保温，气孔多，透气性好。覆土分粗土和细土，粗土一般为蚕豆大小的颗粒，细土一般为黄豆大小的土粒。取土时应取表层土30厘米以下的土壤，表土因含虫卵、草籽、杂菌较多，不宜使用。取土后过筛，分成粗土和细土，曝晒一天，加入2%石灰或喷5%甲醛（4-5天）。一般每平方米用土粒约35千克。土粒一般随制随消毒随用。
覆粗土后2-3天内，菌床上每天喷水1-1.5千克/平方米。加强通风，使粗土先湿后干，菌丝能很快长入土中。覆细土2-3天后，开始调水，每天一次，0.5千克/平方米，以后逐渐增加用水量，减少通风，使菌丝长到粗细土之间。10-11天后，细土间有大量绒毛状菌丝，并有米粒大小原基出现，这时，喷水量做到1千克/平方米，连喷2-3天，应使粗土松软，细土能捏扁，并加大通风，以减少细土湿度，这样能防止菌丝徒长。停水1-2天，减少通风使细土湿度略高于粗土，有利于绒毛状菌丝生长，形成新的原基，原基长到豆粒大小时，喷水量为1千克/平方米，每天2次，促进幼蕾生长。这时要解决好通风问题。通风时间最好在晚上，微风或无风时，将窗全部打开，有风时开背风窗。
一般情况下，覆土后15-18天开始出菇。这一时期要特别注意水分和温度的调节。
1、水分调节：出菇高峰在11月，秋菇一般可收5批，占总产量的80%，当菇蕾长到黄豆大小时，要喷一次重水，一般为1千克/平方米，以后每天1-2次，每次0.5千克/平方米，直到菇峰高潮，再减少用量，以利养菌，直到新菇蕾出现，再喷水。秋菇出菇期间，气温下降，通风时，要注意菇房保温，温度应稳定在8-16℃。
2、温度调节：出菇期，最适温度为14-16℃，超过25℃子实体难以形成。如果播种季节适宜，一般秋菇出菇期间，自然温度能适合出菇温度。如果温度稍高，应结合喷水通风进行降温。温度稍低，应减少通风以保温，由于春菇出菇期间气温变化较大，应视气温情况，采取适当的保温或降温措施。
