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播种后30天左右，菌丝接近长满培养料，这时可在料表覆土。有时表面培养料偏干，看不见菌丝爬上菌床表面，可以轻轻挖开料面、检查中、下层料中菌丝，若相邻的两个接种穴菌丝已快接近，此时即可覆土。覆土应结合不同季节及不同气候条件区别对待。
如早春季节播种，如遇多雨，可待菌丝接近长透料后再覆土；若是秋季播种，气候较干燥，可适当提前覆土，或者分两次来覆土，即第一次可在铺料播种时少量覆土，仅覆盖在铺料上面，且尚可见到部分稻草，第二次覆土待菌丝接近透料时再进行。
菇床覆土一方面可促进菌丝的扭结，另一方面对保温保湿也起积极作用。
覆盖土壤的选择：覆土材料要求肥沃、疏松，持水。腐殖土具有保水性，团粒结构好，适合作覆土材料。国外认为，50%的腐殖土加50%泥炭土，pH值5.7可作为标准的覆土材料。实际栽培中多就地取材，选用质地疏松的田园壤土。
这种土壤土质松软，具有较高持水率，pH值5.5~6.5。森林土壤也适合作覆土材料。碱性、黏重、缺乏腐殖质、团粒结构差或持水率差的沙壤土、黏土或单纯的泥炭不适于作覆土材料。覆土方法：把预先准备好的覆土材料铺撒在菌床上，厚度2~4厘米，最多不要超过5厘米，每平方米菌床约需0.05立方米土。
覆土后必须调整覆土层湿度，要求土壤的持水率达36%~37%。土壤持水率的简便测试方法是用手捏土粒，土粒变扁但不碎，也不粘手，就表示含水量适宜。覆土后较干的菌床可喷水，要求细雾状喷洒，使水湿润覆土层而不进入料内。正常情况下，覆土后2~3天就能见到菌丝爬上覆土层，覆土后主要的工作是调节好覆土层的湿度。
为了防止内湿外干，最好采用喷湿上层的覆盖物。喷水量要根据场地的干湿程度、天气情况等灵活掌握。只要菌床内含水量适宜，也可间隔1~2天或更长时间不喷水。菌床内部的含水量也不宜过高，否则会导致菌丝衰退。
