由于人工栽培的食用菌直接作为菜肴为人们食用，因此农药污染的控制闲的尤为重要；加之食用菌对大多数农药都很敏感，易发生药害。生物防治技术是实现食用菌无公害生产的关键技术，对食用菌产品质量和生态环境都不会造成任何不利影响。细菌制剂，如苏云金杆菌(Bacillus thuringiensis Berliner)是目前国内外生物农药中的主打杀虫剂，由于制剂是昆虫病原细菌所产生的伴孢晶体蛋白，只有经昆虫吞食后昆虫方可感病死亡，这种寄生的专一性决定了此种生物杀虫剂在菇房使用的安全性。
目前，市场上的苏云金杆菌杀虫剂，有鳞翅目杀虫剂和双翅目杀虫剂两大类。植物制剂，如鱼藤精、烟草浸出液、苦楝等。苦楝(Melia azedarach L.)可防治食用菌害虫，其树皮、叶和果均有杀虫效果，可有效控制眼蕈蚊和蝇类害虫对食用菌的危害。抗生素类，如链霉素、金霉素等，主要防治细菌性病害。天敌，如害螨，可利用害螨的天敌捕食螨来对付。捕食螨不危害植物，只捕食害螨，施放后只要食源充足，就可以不断繁衍。捕食螨吃尽害螨后，会自相蚕食，因此要在较大范围内长期利用捕食螨控制害螨，必须实现捕食螨的规模化人工繁殖和饲养。昆虫病原线虫是一类专性寄生昆虫的线虫，它通过昆虫的自然孔口或表皮进入寄主血腔，并释放其携带的共生细菌，产生毒素物质致死寄主昆虫。在北美和欧洲等发达国家，它已作为免注册登记的生物制剂，用于防治菇房蚊蛆。
