农业废弃物资源化利用关键技术研发首先要根据适宜不同基质的新品种选育来选择适宜的品种，通过对农业废弃物资源调查进行营养成分分析并作基质配方研究确定基质配方，研究基质处理关键技术，研发原材料粉碎加工等高效适用机械。结合循环利用技术形成农业废弃物资源化利用综合技术并进行示范推广。
据周祖法介绍，在农业废弃物资源化利用关键技术研究上，根据不同农业废弃物的营养成分和不同种类食用菌对培养基质的营养需求，成功开发了5个新型基质并研制出了12个配方，其中以桑枝作为食用菌栽培的新型基质及配方5个、以桃梨枝作为黑木耳栽培新型基质配方2个、以茭白茎叶作为大球盖菇栽培新型基质配方1个、以山核桃蒲壳作为食用菌栽培的新型基质及配方3个、以玉米芯为主料的金针菇工厂化栽培基质及配方1个。在基质处理关键技术研究上，以桑枝基质、山核桃蒲壳基质、桃枝基质展开了处理技术研究。原料粉碎加工、基质处理机械设备研制上，研发出枝条粉碎机、自走式拌料机、自动变频控制装袋机、菌棒扎口机、菌棒打孔增氧机并均获得国家发明专利。在适宜不同基质栽培的食用菌品种选育中，选育出适宜玉米芯栽培的金针菇新品种“江白2号”和适宜桑枝栽培的黑木耳新菌株“H2”，同时制订了桑枝栽培食用菌相关标准。菌渣二次栽培食用菌技术研究中完成了秀珍菇菌渣栽培金福菇技术、金针菇菌渣栽培秀珍菇技术、黑木耳菌渣栽培姬松茸技术。
杭州市农业科学院开展了利用菌渣与其它原料混配比例、沼气复合剂添加比例、堆沤、发酵培养、沼液还田等试验，形成了利用菌渣生产沼气技术。开展了利用菌渣生产有机肥试验，结果表明，利用菌渣制成的有机肥成品，其主要指标全部符合国家及行业标准，形成了利用菌渣生产有机肥技术。开展了利用蘑菇菌渣用于栽培芦笋的试验，结果表明，蘑菇菌渣能显著促进芦笋生长，提高其产量。研究形成蘑菇菌渣栽培芦笋技术。开展了以菌渣作为甘蓝育苗基质的试验，试验结果表明甘蓝出苗率和成苗率都有所提高。开展了以菌渣作为青花菜育苗基质试验， 该技术不仅拓展了菌渣的应用领域，而且显著提高了蔬菜种苗的质量，从而提高蔬菜产量和效益，具有良好的应用前景。
为了创新循环利用模式，杭州市农业科学院开展了“桑园-黑木耳”套种循环生产模式、“茭白-大球盖菇”轮作循环生产模式、“水稻-黑木耳”轮作循环生产模式、“水稻-大球盖菇”轮作循环生产模式并在浙江省示范推广该成果。目前国内针对食用菌产业链中贯穿农业废弃物资源收集利用与食用菌生产有机结合的产业发展模式探索在国内少见报道，周祖法提出了统一原材料收集加工、统一制作菌包、统一灭菌接种、统一培养发菌、分户出菇管理的“四统一分”的发展理念和模式。
