联盟将针对行业的共性关键问题，对菌种选育、生产工艺、新产品研发、保鲜加工等产业前端技术进行攻关。从源头创新入手，完善产品质量检测、评价系统，制定、实施技术规程标准、岗位操作细则以及可追溯管理系统，推动产业结构调整升级。此外，联盟将组织国内、外企业和同行间的技术交流活动，以指导和推动企业进行技术升级，提高国际竞争力。
短期将完成以下工作：（1）通过联盟整合行业科技资源，提高黑木耳行业可持续发展能力。（2）建设技术创新资源的共享平台。（3）建立新的技术转移和扩散机制。（4）形成合理的人才交流与培养机制。（5）开展国内外科技交流与合作，促进本行业先进技术的扩展。（6）成立联盟产业发展基金，吸引银行、创业投资机构参与联盟。（7）创建标准化体系，推动黑木耳等食用菌产业的可持续发展。（8）探索创建流通企业、龙头企业和菌农之间紧密合作的新模式。（9）创建生产、加工和流通企业紧密合作新模式。
