以实验室的系列创新技术为核心，广东省微生物所采用科技与产业结合的方式，在广东省的广州、丰顺、东莞、开平、韶关等地实施，并作为中国食用菌协会推荐的优秀成果，在西藏拉萨、广西贵港、重庆丰都等西部地区推广应用，并成功输出加拿大温哥华，共建立了12个日产超30吨鲜菇的生产基地，技术辐射2000多家食用菌和食品生产企业，通过技术培训和产业扶持带动了3.38万户农户参与食用菌生产，户均增收3000~4500元。产品市场占有率在70%以上，累计新增产值81亿元，新增利税17.13亿元，出口创汇2300万美元，取得了显著的经济和社会效益。
广东省微生物所正与加拿大、坦桑尼亚等国专家共同研究利用食（药）用菌的有效成分治疗恶性肿瘤、抗艾滋病等对人类威胁极大的疾病，已取得了可喜进展，已建成了国内首个非洲蘑菇资源库。
广东省微生物所以其独特的真菌资源调查、食（药）用菌开发利用与人工栽培方面的技术优势，多次前往西藏开展科技援藏工作。该所不只一次受广东省科技厅的委托，实施多项援藏项目。如所长吴清平两次带队进藏，对援藏项目进行考察和工作部署，杨小兵研究员七次带队进藏实施援藏项目。该所与拉萨、林芝等地科技部门和科研单位合作开展对当地丰富而珍贵的林下资源如冬虫夏草、松茸、灵芝、天麻等进行调查，开发利用，推动产业发展等，特别是进行珍稀野生菇类的栽培；该所还将自己开发及使用的部分食药用菌优良品种（如灵芝、猴头菇等）成功引种到当地；协助当地科技部门建立林芝地区的食药用菌野生资源种质库；在当地开展高原产业化栽培示范，成功后可推广到当地农户；为西藏林芝地区培养食药用菌技术骨干人才。
真菌分类研究工作全国“一枝独秀”。广东省微生物所建有华南地区最大、全国第二的大型真菌标本馆，馆藏标本6万多号，一些标本在全国乃至世界上是独一无二的，堪称“国宝”。近年来，以李泰辉研究员为首的分类专家以华南及邻区森林大型真菌为研究对象，以不同地区80多个自然保护区为考察点，进行了广泛的野外考察，标本和菌种收集，物种分类鉴定，菌种选育和驯化及多样性研究等，系统而全面地开展特色真菌编目、资源利用技术等基础及应用基础和应用技术示范推广，为森林真菌资源本底调查、系统分类学与编目及可持续性利用提供科学依据与数据积累，推动了食用菌及相关产业的发展和新农村科学技术的进步，提升了中国真菌资源本底调查水平。
