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食用菌培育的核心是灭菌完全，也是最根底最单纯的环节。灭菌不完全，后续生产都是徒劳无益，就会使成品率下降、乃至是悉数污染。灭菌的意图无非就是运用高温、高压将培育栽种的微生物(含孢子)悉数杀死，到达一个无菌的状况，以利于菌种在纯净的环境中顺畅成长。
食用菌灭菌有物理法和化学法，其中较多运用、并且作用好、作用安稳的是物理法的热力灭菌法。现介绍几种常用的食用菌灭菌办法。
一、高压蒸汽灭菌：要求有高压蒸汽锅，技能指标最高温达摄氏140度或2公斤/平方厘米压力。物品在密闭容器内，水通过加热发生高压蒸汽而提高温度到达杀菌的意图。一般培育基可用摄氏121度坚持20分钟即可到达灭菌作用，现已把菌丝养分体、孢子、芽孢悉数杀死。但如果基质内含有葡萄糖、马铃茨、豆芽汁、维生素等物质则运用摄氏115度坚持20分钟为宜，不然过高温度会损坏养分物，而发生有毒物质不利于食用菌成长。木屑、蔗渣、棉籽壳、麦粒、草料、粪干等物质本来含菌量较大并且含水量较少，宜用摄氏129度坚持12.5小时灭菌。
二、常压蒸汽灭菌：物品在锅内以常压蒸汽进行灭菌。通常蒸汽温度为摄氏95105度，因而灭菌的时间要求68小时才干到达作用。这种办法合适人力，燃料足够，未有才干置办高压蒸汽锅的地方运用。这种办法对坚持培育基的养分较好。
三、间歇性灭菌法：对不宜超过摄氏100度高温的物品较好。培育基置锅内经摄氏100度高温蒸1小时，杀死杂菌的养分体，保温在摄氏2530度24小时，残留的孢子萌生成养分体。进行第2次蒸煮1小时，把萌生的孢子杀死。同法，进行第三次蒸煮1小时，保温等做法，即可到达完全灭菌的作用。
四、过滤除菌：一些不耐高温的物品通过机械阻留的技能把杂菌除掉。如血清、维生素、氨基酸等物多用此法除菌。要求设置抽滤瓶和空气压缩机才干进行。
五、化学药剂灭菌法：常用的化学剂有氯化汞、高锰酸钾、漂白粉、福尔马林、酒精等。在食用菌培育中，这些化学剂的灭菌作用不安稳，并且有些影响到产品的安全性，如氯化汞不宜用于食物，而多用于外表消毒或环境消毒。
