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菌种的复壮指将衰退的菌种恢复原来优良性状。狭义的复壮是指在菌种已发生衰退的情况下，通过纯种分离和生产性能测定等方法，从衰退的群体中找出未衰退的个体，以达到恢复该菌原有典型性状的措施；广义的复壮是指在菌种的生产性能未衰退前就有意识的经常、进行纯种的分离和生产性能测定工作，以期菌种的生产性能逐步提高，实际上是利用自发突变（正变)不断地从生产中选种。复壮可采取的技术措施有：
尽量减少对菌丝的机械刺激，以防细微变异的产生。
食用菌菌丝是通过末端生长的且有菌丝的”尖端3厘米优势“，也就是说，末端菌丝往往最纯、活力最强，菌丝顶端的含病毒量很少或不含有病毒，所以挑取末端菌丝进行斜面母种的提纯，是复壮较为有效的方法。时常更换不同营养成分的培养基，将菌株转回到适宜的天然基质上，并给予适宜的环境条件，以增强菌株的活力及生产性能。
在菌株的保藏使用过程中，注意保藏方法的选用，如选用液氮和木钉种及培养料试管来保存，以减少传接次数，且要注意采用营养相对丰富的培养基来扩接转管以”复活“菌种。
有性孢子分离复壮：有性防止产生的孢子是双孢蘑菇生活史的起点，定期进行双孢蘑菇菌株的单孢分离筛选，从中优选出具有该品种原有性状的新菌株，逐渐代替旧菌株，预防或延缓菌株衰退速度。
选取优良的种菇子实体进行组织分离复壮。种菇必须纯正，具有该菌株的典型优良性状，发育健壮，无病虫害，成熟度适当。通过有性繁殖和无性繁殖交替使用，以保持菌种种性及活力。