我国是世界食用菌生产第一大国，在农产品市场中唯一左右全球的也只有食用菌。长期以来，由于我国食用菌产业发展面临着严峻的压力，食用菌育种目标主要考虑了产量因素，忽视了品质指标，使食用菌单产水平大幅度提高，而品质水平停滞不前。随着国民经济的发展和人民生活水平的提高，对食用菌育种工作提出了新的任务和要求，在今后的食用菌育种工作中，不但要培育高产、稳产、抗病虫害、抗逆的食用菌品种，而且还要求食用菌品质大幅度提高和全面优质化，把改良食用菌品质作为育种工作的重要任务之一。
近年来，我国食用菌品质育种工作取得了巨大成绩，但从我国食用菌品质育种工作实践来看，食用菌品质育种的总体水平与国外相比也存在着差距：一是优质品种不过硬。二是品质测试手段落后。为了提高品质测试效率，近年来许多国家致力于测试仪器和方法的改进，使之向更加微量、快速、准确、自动化、电脑化方向发展。对比之下我们的食用菌科研部门，在这些方面的研究存在较大差距。三是管理体制不健全，没有真正实行以质论价的政策，还没有建立一种完善的对食用菌品质状况的检测报告管理体制。四是品质育种手段单一，生产上推广应用的品种大多数还是以常规育种方法育成，采用新技术选育优质品种或对一些优质品系及早、准确的认定还没有及时跟进。
针对这些问题，食用菌育种单位应根据条件及时把食用菌品质育种纳入育种计划，把品质育种作为食用菌育种的一个重要目标。同时，食用菌育种还应兼顾农艺性状和产量同步提高。
为此，应有目的、有计划地重点加强对国外食用菌优质资源的引种工作，并在此基础上分工协作，对已征集优异种质资源的品种及其他农艺性状的遗传与生理特性进行深入研究，准确探明其利用价值，以减少盲目性，为食用菌育种工作提供技术途径和理论依据。与此同时，有关机构应组织技术力量研究快速、准确、简便的食用菌品质分析技术和仪器设备的引进、研制和创新问题。
在品质育种的目标下，除传统的育种途径外，还需大力开拓育种的新途径和新技术，包括人工诱变育种、倍性育种、远缘杂交育种、细胞工程、、基因工程等。
通过科研育种手段培育出优质食用菌的作用是潜在的，其具体的表现还要决定于相应的栽培措施，因而在选育优质食用菌的同时还应加强研究与之相配套的栽培技术。