按照国家强制性标准《食用菌卫生标准》的规定，食用菌所涉及的指标包括感官指标和理化指标。感官指标是判定食用菌质量好坏的重要依据之一。正常食用菌应具有其固有的外形、色泽和香味，不得混有非食用菌，产品应无异味，无霉变，无虫蛀。食用菌的理化指标包括砷、铅、汞、六六六、滴滴涕含量等５项指标。
据有关专家介绍，铅是一种有代表性的重金属，是有蓄积性、多亲和性的毒物，对人体各组织都有毒性作用，主要损害神经系统、造血系统、消化系统和肾脏，还损害人体的免疫系统，使人体抵抗力下降。汞的毒性与汞的存在形式有很大的关系。无机汞不容易吸收，毒性小，一般食品中的汞基本以无机汞形式存在，而有机汞特别是甲基汞容易吸收，因此毒性大。微量的汞在人体不致引起危害，可经尿、粪和汗液等途径排出体外。人体摄入超过一定量的汞，尤其是甲基汞，在体内蓄积到一定量时，将损害人体健康。食品一旦被汞污染，难以彻底除净，无论使用碾磨加工或用不同的烹调方法，如烧、炒、蒸或煮等都无济于事。砷的化合物在自然环境中广泛存在，对食品的污染常见有：含砷农药的使用；食品加工时使用了一些含砷的化学物质作原料；工业“三废”排放中常含有大量的砷，引起食品污染。食用菌中砷的污染主要来源于土壤和环境。此外， 六六六、滴滴涕属有机氯农药，上世纪７０年代许多国家相继限用和禁用此种农药，我国于１９８３年停止生产。由于六六六、滴滴涕农药使用后在土壤中的残留期很长，因此使用了该农药的土壤几十年后还存在残留物。
中国加入世界贸易组织后，食用菌的价格呈下降趋势，其最主要的原因就是国外相关指标很多，而我国的标准体系还不健全甚至落后。目前农业部已经就食用菌产地环境、投入品以及菇类生产技术规程颁布有关标准，努力从源头上规范食用菌的生产。与此同时，农业部已指定上海农科院食用菌研究所尽快制定相关的新品种检测标准，以保证食用菌新品种的食用安全。